Rusçuk'ta doğan Fahrettin Paşa 93 Harbi olarak bilinen Osmanlı-Rus savaşından sonra ailesiyle birlikte İstanbul'a yerleşti.
Mekteb-i Harbiye'yi birincilikle bitirdi. Erkanı Harbiye Mektebi'ni bitirdikten sonra 1891 yılında Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle göreve başladı. İlk olarak Erzincan'da bulunan 4. Ordu'da görev yaptı. Ayrıca Osmanlı- Rus sınırı tahdid komisyonunda 1903'te üye, 1906'da ise yarbay olarak görev yaptı. 1904 yılında 13 Nisan ve Ayvalık'ta çıkan Rum ayaklanmalarını bastırmak ile görevli Örfi İdare Mahkeme Reislikleri'nde görev yapmıştır.1909'da Balkan Savaşı'nda Çatalca Savunması’nda ve Edirne'nin geri alınışında görev almıştır.
1. Dünya Savaşı başladığında 4. Ordu'ya bağlı 12. Kolordu komutanı olarak Musul'da bulunuyordu. 1915 yılında 4. Ordu komutan vekilliğine getirildi. Bu bölgede iken hem tehcire tabî tutulan Ermenileri yerleştirmesiyle ilgilendi hem de Urfa , Zeytun, Musadağı ve Haçin 'deki Ermeni isyanlarını bastırdı.
1916 yılında 4. Ordu komutanı Cemal Paşa tarafından Medine'deki Hicaz Seferi Kuvvetleri komutanlığına atandı. İngilizlerin desteğinde isyana girişen Şerif Hüseyin ordusuna karşı kısıtlı imkânlara rağmen yaptığı Medine Müdafası büyük takdir topladı.
Medine Kuşatması'ndan sonra savaş esiri olarak önce 27 Ocak 1919 tarihinde Mısır'a daha sonra da 5 Ağustos 1919 tarihinde Malta'ya sürgün edildi.Sürgün sırasında savaş suçlularını yargılamak üzere İtilaf Devletleri tarafından İstanbul'da kurulan Kürt Nemrut Mustafa Paşa Divân-ı Harbî adı verilen mahkemece ölüme mahkûm edildi. Ancak Ankara Hükümeti'nin gayretleriyle 8 Nisan 1921 tarihinde Malta'dan kurtulduktan sonra Eylül 1921 tarihinde İstiklal Harbine katılmak üzere Ankara'ya geldi. Başkomutan Müşir Gazi Mustafa Kemal Paşa tarafından Güney Cephesinde Fransız Ordusu'na karşı savaşan Türk kuvvetlerini birleştirmekle görevlendirildi. Fransızlarla Ankara Antlaşması'nın imzalanmasıyla güneyde savaş sona erince 9 Kasım 1921 tarihinde TBMM tarafından Kabil Büyükelçiliği'ne atandı. Tükr-Afgan dostluğunun gelişmesinde önemli rol oynadı.
1936 yılında korgeneral rütbesi ile ordudan emekli oldu. 22 Kasım 1948 tarihinde bir tren yolculuğu sırasında Eskişehir yakınlarında kalp krizi geçirerek vefat etti.